Rektum kanserlerinde tedavi kolon kanserlerine göre bir miktar farklılık gösterir. Tümör rektumun aşağı kısımlarındaysa 1. evre dışında tedaviye kemoterapi-radyoterapi (neoadjuvan kemoradyoterapi) ile başlamak gerekir. Böylece tümörün küçülüp sağlam ve yeterli bir cerrahi sınırla çıkartılması amaçlanır. Neoadjuvan kemoradyoterapinin bir diğer amacı da anüse çok yakın olup ameliyatla anüsün tamamen kapatılması ve kalıcı olarak kolostomi açılması gerekecek hastalarda bunun yerine bağırsağın uç uca dikilmesine olanak verecek şekilde tümörü küçültmektir. Başlangıçta cerrahi planlanan ya da neoadjuvan tedavi sonrası cerrahi için başvuran hastalara tümörün yerleşim yerine göre cerrahi planlanır.

Rektum kanserleri üç bölgede incelenir. Alt ve orta bölgedeki tümörlerde kanserli doku çıkartılıp kalan bağırsak birleştirilir ve burayı koruma altına almak için geçici olarak ince bağırsak ucu açılıp karın duvarına dikilir ve dışkı buradan gelir (ileostomi). Üst kısımda yerleşen tümörlerde ileostomi gerekmeyebilir. Bazen tümör çok aşağı seviyededir, kanserli doku çıkartıldıktan sonra birleştirmek için fonksiyon görebilecek uygun ve yeterli bağırsak dokusu kalmaz bu durumda kanser tamamen temizlenip hastalara kalıcı olarak kolostomi (bağırsak ucu açılıp karın duvarına dikilir ve dışkı buradan gelir) yapmak gerekebilir. Rektum kanserleri de kolon kanserleri gibi laparoskopik veya açık ameliyat edilebilirler (detaylı bilgi için Kolorektal Kanserlerde Cerrahi Tedavi Teknikleri bölümüne buradan bakabilirsiniz).

Erken evre rektum tümörlerinde belirli şartların sağlanması koşulu ile lokal eksizyon yapılabilir.