Üst gastrointestinal sistemi (ağızdan itibaren yemek borusu, mide ve on iki parmak bağırsağı) özofagogastroduodenoskopi ile, alt gastrointesitinal sistem (anal kanal, rektum ve kolon) kolonoskopi ile değerlendirilir.

Endoskopik retrograd kolanjiyopankreatografi (ERCP) ile yemek borusu yoluyla girilerek safra kanalları ve pankreatik kanal değerlendirilir. ERCP ile safra kanalalarındaki taşlar çıkartılabilir veya gerekli durumlarda biyopsi alınabilir

Endoskopik Ultrasonografi (EUS) endoskopi cihazına eklenmiş bir ultrasonografi dönüştürücüsü vasıtası ile yapılır. Bu işlemle üst veya alt gastrointestinal sistemden girilerek var olan lezyonların derinliği, komşu organlarla ilişkisi değerlendirilebilir. Gerekirse biyopsi alınabilir.