Erken tanı konduğunda diyet, sıcak suya oturma banyosu, kabızlığın önlenmesi ve ilaç tedavisi ile kısa sürede tedavi edilebilirler. Ancak olay kronikleşirse bu önlemler tedavide yetersiz kalır.  Kronikleşmemiş anal fissürlerin çoğu ve bazı kronik fissürler tıbbi tedaviye yanıt verirken, kronik fissürler genellikle cerrahi müdahale gerektirir. Medikal tedavi ile iyileşme göstermeyen hastalara  mutlaka endoskopik inceleme (rektosigmoidoskopi, kolonoskopi vb) yapılıp fissüre sebep olabilecek hastalıklar (crohn gibi) ve kanama, ağrı gibi şikayetlerin diğer nedenleri dışlanmalıdır.

Son zamanlarda uygulanan cerrahi dışı bir yöntem botulinum toksini (BOTOX) enjeksiyonudur. Bu sayede hipertonik anal sfinkter kasında gevşeme sağlanıp fissürün iyileşmesi sağlanabilir .

Cerrahi tedavi ise lateral internal sfinkterotomidir.  Dışkı kontrolünü sağlayan kasların iç kısmının kesilmesi ile bu bölgedeki basınç azalmakta ve şikayetler düzelmektedir. Ameliyattan sonra nadiren kanama, apse, gaz ve gayta kontrolünde bozukluklar görülebilmektedir.